課程大綱： LAMMPS分子動力學模擬培訓
LAMMPS基礎
1. 課程1 分子動力學模擬入門理論
2. lammps的in文件中各命令的意義
3. 1.1 系綜理論
4. 1.2 主要算法介紹
5. 1.3 積分步長的選取
6. 1.4 溫度和壓力控制
7. 1.5 周期性邊界條件
8. 1.6 分子動力學模擬流程
LAMMPS入門學習
1. 課程2 LAMMPS入門操作基礎
2. 2.1 Linux命令入門基礎——熟練掌握LAMMPS所用的Linux命令
3. 2.2 LAMMPS中一些安裝包的介紹——為以后創建自己體系進行選擇性安裝
4. 2.3 LAMMPS的linux版串行和并行及GPU版編譯安裝——學會編譯方法，針對自己體系編譯軟件。 認識makefile文件。
5. 2.4 LAMMPS的in文件結構格式及常用命令講解、data文件格式。
6. 2.5 LAMMPS實例講解。
實例操作：編譯安裝自己的LAMMPS可執行程序
LAMMPS進階學習
1. 課程3 LAMMPS各種參數計算
2. 3.1 in文件基本語法。
3. 3.2 顆粒模擬。
4. 3.3 可視化快照。
5. 3.4 彈性常數模擬解。
6. 3.5 計算熱導率。
7. 3.6 計算粘度。
8. 3.7 計算均方位移。
9. 3.8 計算徑向分布函數。
10. 3.9 計算擴散系數。
11. 3.10 計算能量數據。
12. 3.11 Lammps常見錯誤解決途徑。
實例操作：學員結合自己的科研方向，選擇運行契合自己研究方向的例子
LAMMPS的建模
1. 課程4 LAMMPS建模——掌握基本操作流程（一）
2. 4.1 lattice命令語法學習及建模實操
3. 4.2 Packmol建模語法學習及案例實操。
4. 4.3 Material Studio建模學習及案例實操
5. 4.4 VMD建模學習及案例實操
實例操作：指導實現上述環節的每個模型操作過程，并轉換成lammps的data文件
1. 課程4 LAMMPS建模——掌握基本操作流程（二）
2. 4.3 Material Studio建模學習及案例實操
3. 4.4 VMD建模學習及案例實操
實例操作：指導實現上述環節的每個模型操作過程，并轉換成lammps的data文件
從examples的簡單例子，到完成自己的科研課題
1. 課程5 通過examples中的例子，理解要模擬對象的物理意義。
2. 5.1 運行examples\flow 兩個例子并做可視化處理
練習與思考：
3. 5.1.1 把二維couette流動擴展成三維，并輸出流體的速度和密度分布
4. 5.1.2 把二維poiseuille流動擴展成三維，并輸出流體的速度和密度分布
5. 5.1.3 建立三維管道內的poiseuille流動
6. 5.1.4 進行石墨烯通道內的Couette流動和Poiseuille流動模擬
7. 5.1.5 調節通道表面電荷性質、親疏水性質，分析其對流動性質的影響
8. 5.1.6 模擬體系中水更改為KCl溶液
9. 5.2 運行examples\shear 到石墨烯/鋁的力學性質模擬
10. 5.3 運行examples\friction 到金屬/合金的摩擦模擬
夾層結構(graphene/C60/graphene)
摩擦性質模擬（AIREBO力場）
1. 課程6 夾層結構(graphene/C60/graphene)不同粗糙度條件下的摩擦性能研究
2. 模擬過程
3. 6.1 建立夾層結構(graphene/C60/graphene)不同粗糙度的初始模型
4. 6.2 夾層結構的應力-應變曲線性能研究
5. 6.3 夾層結構摩擦性質研究
環氧樹脂在二氧化硅表面吸附建模(CVFF力場)
1. 課程7 環氧樹脂在二氧化硅表面吸附吸能的影響
2. 模擬過程
3. 7.1 建立模擬體系的初始模型
4. 7.2 運行能量小化及體系的預松弛
5. 7.3 壓縮盒子達到指定的密度 （針對不同研究體系掌握壓縮方法的不同，并掌握判斷方法和依據）
6. 7.4 模擬步驟：包括能量小化-NVT平衡-NPT平衡-對研究目標的 性質進行長時間軌跡平衡-輸出研究所關心的性質。
7. 7.5 查看動態軌跡和特殊幀的圖片顯示 (采用VMD軟件做出漂亮的圖片和視頻，學會用tcl腳本控制輸出)
8. 7.6 數據分析 （origin軟件的使用）
9. 7.6.1 MSD分析
10. 7.6.2 計算RDF
11. 7.6.3 計算密度分布
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